恶性胸腺瘤患者需采取综合治疗方案，才能将病情控制，并取得一定的治疗效果，但并不代表病情能彻底治好。恶性胸腺瘤患者的治疗效果与病情的发展状况有关。肿瘤未恶化的患者，经手术切除干净后，一般复发几率较低，治疗效果较好。恶性胸腺瘤早期，肿瘤包膜完整没有扩散至周围组织时，容易切除干净，手术治疗为首选的治疗方法。可采取切除整个胸腺或周围邻近结构完全切除。若肿瘤扩散至周围的脂肪组织或纵隔胸膜，扩散程度不高，手术治疗仍为首选。后期需给予辅助放疗，降低肿瘤的复发风险。
