肾囊肿的主要病因如下：第一、肾小管和周围血管闭塞。肾实质缺血和局部炎症可引起肾小管阻塞，由于已存在的肾小管和集合管憩室转变而形成囊肿，大多认为肾小管堵塞或为囊肿形成的主要原因。第二、活性物质异常分泌，患者囊肿囊液内含有表皮生长因子、胰岛样生长因子和促进囊肿所形成的活性物质，可参与细胞增殖和促进囊肿的形成过程。第三、先天性发育不良。主要为肾小管先天性发育不良，囊肿多起源于近端肾小管，由于某些原因引起肾单位阻断所致。
