肝内胆管结石的形成原因以下几点：1、寄生虫疾病。胆道蛔虫症和血吸虫病是肝内胆管结石的形成原因之一，蛔虫或者是血吸虫进入到肝内胆管后，以其尸体或者是虫卵为核心形成结石。2、感染。胆道慢性炎症、细菌感染例如大肠杆菌、厌氧菌感染是肝内胆管结石的形成的主要原因。3、胆汁淤积。患者存在特殊解剖学因素，例如患者左外叶和右后叶胆管儿在汇合时形成特殊角度，导致胆汁运行不畅导致胆汁淤积也是结石形成的原因。4、营养不良。长期缺乏营养容易导致胆汁缺乏，也会诱发结石的形成。
