肠镜下切息肉最常见的并发症为出血和穿孔，晚期并发症是肠腔狭窄。
1、出血。肠镜切息肉后破损的肠道黏膜出血，大部分出血会自行停止。所以术后大便少量带血，逐渐减少是正常的。如果术后每次大便出血量大，甚至是鲜血，大便频次多，甚至出现头晕、血压降低，心慌等症状，则立即就诊，尽快止血处理。
2、肠道穿孔。肠道穿孔表现是出现较剧烈腹痛，或者患者在术后出现发烧。有这些临床表现要考虑肠道穿孔，要及时做腹部立位平片或者CT检查确诊，然后及时做内镜下穿孔修补或采取开腹手术治疗。
3、肠腔狭窄。基底部广泛的息肉切除以后数月甚至数年，有的患者会出现肠腔狭窄，出现肠梗阻症状，处理方法是首先避免大便干燥，如果保守治疗效果差还需要手术治疗。
