电子肛门镜检查简单易行，门诊就诊就可以完成。不需要清洁灌肠，检查前排尽大便即可。一般肛门镜检查范围包括肛门外观、肛管、直肠下段。一般肛门镜镜身长度约5-6厘米，镜管直径1.5厘米左右。肛门镜接光源和摄像拍照设备，可电子拍照留图。
电子肛门镜检查时，患者用侧卧位或膝胸位。检查时一定要让患者配合肛门肌肉放松，进镜前可以在肛门部位多抹点润滑油，按摩几下肛门，感觉肛门松弛时缓慢进镜，就可以做到无痛苦。肛门镜检查范围少，就几厘米的范围，顺利情况下1分钟左右就可完成检查。完全不用害怕。
但如果肛门有肛裂，有破损，有痔疮发作，血栓痔，炎症水肿等情况，肛门镜撑开肛门时会有疼痛。有的患者过于紧张，肛门括约肌不能放松，肛门镜进入肛门时也容易引起疼痛。
