肛门镜和肠镜的区别主要是检查设备不同，检查范围不同，检查方式不同，诊治疾病谱不同。
肛门镜一般只能看到齿线上的3-5公分，一般主要应用于肛管和直肠下段病变的检查。设备简单，普通肛门镜，配合光源，在门诊就可以检查。一两分钟就可以结束检查。费用低廉。不需要肠道准备。安全无痛苦。而肠镜包括电子结肠镜、电子直乙镜、电子直肠镜。
一般需要提前清洁肠道。口服泻药，清理干净肠道才可以进行操作。肛门镜一般在检查的时候不需要进行麻醉，而肠镜检查，有的患者肠痉挛疼痛明显，需要进行静脉全身麻醉。
肛门镜检查主要用于诊治痔疮、肛裂、肛瘘、肛乳头肥大等肛门疾病。肠镜检查主要用于诊治肠炎、息肉、肿瘤、下消化道出血等疾病。
