原发性肝癌的诊断需结合病史、化验与影像学检查等综合判断：
一、病史：各种原因所致的肝炎、肝硬化，如病毒性肝炎、酒精性肝炎、自身免疫性肝炎、代谢相关性肝炎，长期黄曲素毒素摄入。
二、影像学检查：首先超声筛查，发现肝内占位后须行增强CT、MRI，尤其是钆塞酸二钠增强MRI基本可确诊，如仍不能确诊可行肝血管造影检查。
三、与肝癌相关的化验检查有肝炎标志物、生化肝功能以血清甲胎蛋白、甲胎蛋白异质体、异常凝血酶原——PIVKA-II、血液循环中的mRNA、循环肿瘤细胞——TCT等，这些化验有助于甚至可以确诊肝癌。
四、病理学检查：进行上述检查后仍不能确诊者可行穿刺病理检查。
