造血干细胞移植的过程一般不痛苦，但如果移植后出现严重排异反应，这种情况会痛苦。造血干细胞移植分为自体造血干细胞移植和异基因造血干细胞移植两种。自体造血干细胞移植主要是移植前先采集患者的造血干细胞，在体外冷冻保存，然后通过化疗以后再输入体内，这种手术并没有特别大的痛苦。异基因造血干细胞移植，主要是使用正常人或者是亲属的造血干细胞，其输注过程和输血是一样的，一般不会痛苦。但是异基因干细胞移植后可能会出现一些排斥反应，如皮肤，肺，肝脏，肠道等，如果反应比较严重，会有明显的不舒适症，可能会痛苦。
