乳腺囊肿基本不会发生癌变，除非在某些强烈致癌因素的长期强烈作用下，才有可能发生癌变。但是在发现乳腺囊肿的时候也需要排除以下几种情况，第一是其他组织器官发生了癌变，然后转移到乳房处，堵塞了相关的乳管造成了囊肿。第二是囊肿的周围发生乳腺癌的改变。这些都是需要进一步进行专业的检查的，所以发现乳腺囊肿以后，首先应该尽快就诊于乳腺科，明确有无周围组织或者其他脏器的恶性肿瘤，如果没有，仍担心乳腺囊肿继发恶性肿瘤，还可以进行局部的穿刺取组织进行病检。
