有的障碍性贫血可以治好，这类患者经过治疗贫血和出血症状消失，血红蛋白男性达到120g/L、女性达到110g/L，白细胞达到4×10^9/L，血小板达到100×10^9/L，随访1年以上未复发，就可以认定为基本治愈。
如果治疗及时并且治疗得当，非重型再生障碍性贫血患者大多数可以缓解甚至治愈。仅有少数的重型再生障碍性贫血患者病情恶化进展为II型重型再障。
由于重型再生障碍性贫血发病急、病情重，以往死亡率极高（大于90%）；近15年来，随着治疗方法的改进，预后明显改善，但依然有1/3的重型再障患者死于感染和出血。
