胃肠道间质瘤如果属于良性，没有任何症状，通常不必做特殊治疗。如果正处在恶性时期，可根据肿瘤体的大小和性质、转移情况具体分析。
1.手术治疗。有手术指征的胃肠道间质瘤的人群，可采取内镜、腹腔镜或开腹手术治疗，主要包括远端胃切除、近端胃切除、局部或楔形切除、联合脏器切除术、全胃切除等。
2.靶向药物治疗。对于中高危复发风险的病人，可采取药物治疗作为辅助手段，减少疾病复发和转移。对于无法手术的病人，还可以控制其病情。
3.支持治疗。治疗目的主要是为了预防和缓解疾病治疗过程中，所带来的心理问题和身体不适。
