直径小于2cm的局限性胃肠间质瘤，经过病理评估后属于良性，而且也没有任何症状的，通常不需要做特殊治疗，只需要定期监测病变的进展状态就可以；如果有高危因素或在随访过程中，发现肿瘤进一步增大或者出现了临床症状，应积极采取手术切除。
胃肠道间质瘤手术方式多种多样，主要包括胃镜下ESD切除、腹腔镜胃部分切除或双镜联合手术切除，如果肿瘤位于贲门处，需要行近端胃切除、位于幽门处需要行远端胃切除。病人在完成治疗后，应按照医生的随访计划，每隔3~6个月复诊一次，监测病情进展情况，还要改善生活方式，均衡营养，戒烟戒酒，健康饮食，积极锻炼。
