胃间质瘤作为一种肿瘤，早期诊断、早期治疗就会取得良好疗效，大部分会治愈。
胃间质瘤相较于肠道间质瘤，预后比较好，尤其是早期胃间质瘤大多数通过查体偶然发现，生物学行为为惰性，进展很慢，可以通过定期随访胃镜观察其变化。也可以通过胃镜下ESD切除或腹腔镜下切除，需要确保手术切缘阴性，没有肿瘤细胞残留。手术后病理若危险度分级为低危或极低危，预后良好，手术后也不需要服用靶向药物。也有一部分小的胃间质瘤病理分级会提示细胞增殖指数较高，这部分患者复发或转移的风险较大，辅助以靶向药物也可以得到较好的控制，获得较好的预后。
