肝脓肿一般不分早期、晚期，这是一个不很严格的说法。肝脓肿开始发病时大多表现为高热、寒战、害冷等，化验检查有白细胞高，肝功能异常，B超或CT检查能够发现肝内异常病灶。伴随积极的抗感染消炎治疗，小的肝脓肿可以吸收。大的肝脓肿会液化坏死，需要穿刺引流治疗。大的肝脓肿液化坏死引流治疗后，完全康复需要时间比较长，可能需要3-6个月的时间，感染控制好的话，病人大多没有明显症状。
如果患者有一些严重的基础疾病，比如胆道肿瘤、肝硬化、免疫性疾病等，还会出现严重的黄疸，甚至会引起脓毒血症或者感染性休克。
