肝囊肿的原因有寄生虫性和非寄生虫性，前者多是肝棘球蚴病引起，后者又可分为先天性、创伤性、炎症性和肿瘤性囊肿。如果是在北方牧区，常见的是寄生虫性肝囊肿。即棘球属绦虫的幼虫寄生在人体的肝脏内，不断增生繁殖形成肝囊肿，又叫包虫病，是通过牧区上的牧羊犬以及牛羊的粪便来传播的。如果是在非疫区，先天性肝囊肿比较常见，又分为单发性和多发性肝囊肿，一般是由于父母有先天性肝病家族史或者母亲在孕期感染过病原体，致使胎儿在子宫内发生感染导致的。
