肝内胆管结石是一种多发的胆道良性疾病，这种疾病的临床表现和严重程度差别显著，但是也有部分患者没有任何临床表现。肝内胆管结石大部分是可以治好的。若结石较大，肝区有不适的感觉，或者结石导致了胆管的梗阻，引起了胆管扩张，或者导致肝脏的萎缩，此类情况就需要积极手术治疗。手术治疗原则是去除病灶、取尽结石、矫正胆管狭窄、解除胆道淤积、通畅引流、防止复发。常用的手术治疗方法主要有肝部分切除、肝胆管切开取石、肝门部胆管狭窄修复重建术等。
