肝结石形成的主要因素有高脂肪饮食、反复胆道感染、胆汁淤积、肝脏内寄生虫等。
肝结石可分为胆固醇类结石、胆色素类结石及其他类型结石。当人体长时间高脂肪饮食，体内胆固醇过高，造成胆固醇代谢障碍，胆固醇与胆汁酸磷脂的比例失调，就会形成胆固醇类结石。当体内胆汁淤积，胆色素淤积在体内合金属离子结合，可以形成胆色素类结石。
此外当肝脏胆管内有寄生虫时，寄生虫和寄生虫卵被其他物质包裹在一起也会形成结石。回肠是重吸收利用胆盐的主要场所，当回肠功能失调时，吸收的胆盐不足以维持胆盐池的稳定，引起胆固醇析出形成结石。
