胰腺囊肿的原因很多。主要是先天发育畸形、胰液排泄不畅所致，也可继发于胰腺炎或是胰腺损伤后。主要分为如下几种：
1、先天性：较罕见，属于胰腺的先天性畸形病变，包括孤立性胰腺囊肿、多发性胰腺囊肿、肠源性胰腺囊肿、皮样囊肿、胰腺血管瘤样囊肿等类型，部分和遗传因素有关，如多囊胰腺。
2、潴留性囊肿：有胰腺炎症或结石、寄生虫引起胰管狭窄或阻塞，导致胰腺分泌液潴留。
3、胰腺囊性肿瘤：包括了浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤和黏液性囊腺癌等。
4、假性胰腺囊肿：多是胰腺急性炎症、外伤或是手术损伤后，引起胰液外溢，导致周围组织纤维增生所致，但临床上也有部分原因不明的胰腺假性囊肿患者存在。
