卵巢黄体功能不足、妊娠女性胚胎发育不良、宫外孕、流产、胎盘功能减退、原发性或继发性闭经、无排卵性月经或者无排卵性功能失调性子宫出血、多囊卵巢综合征、使用避孕药等，都可导致孕酮低。但需要注意的是，孕酮的含量是随着月经周期性变化而有波动的，在月经期孕酮水平极低，这是正常的，如果在月经期孕酮值高于生理期，提示黄体萎缩不全；女性在排卵后孕酮值才会升高，在排卵后第6~8天血中孕酮值浓度达高峰，在月经来潮前4天逐渐下降到月经期水平。
