临床上没有任何特殊的治疗能够治愈幼儿幼年特发性关节炎。临床治疗的主要目的是能够让患儿过上正常的生活，保护关节和脏器免于损伤。大部分的患儿可以发生自发地缓解，但所需的时间不同。此类疾病的治疗是一个长期持续的过程，需要长期的治疗和随访。如果患者随意地服药、自行减量或者自行停药，病情就会难以控制，出现各种严重的并发症。
但是一般来说，幼年特发性关节炎的预后比较良好，其预后取决于病情的严重程度、疾病的类型以及治疗是否早期和适当。随着治疗方法和药物的不断改进，预后已经明显改善。所以，尽管幼儿幼年特发性关节炎不能根治，但是如果早期诊断合理的治疗，是可以有效地控制的。
