先天性胆道闭锁最重要的症状就是持续高胆红素血症，患儿出生后黄疸持续不退。临床上胆道闭锁以女孩多见，而黄疸出现较早，一般1-2周开始出现并逐渐加重。粪便会在黄疸出现时由淡黄色逐渐趋于黄白色，后成陶土灰白色，尿的颜色日益加深，有如红茶，将尿布染成黄色。黄疸出现后，通常即不消退，且日益加深，皮肤变成金黄色甚至褐色，粘膜、巩膜亦逐渐显著发黄。至晚期甚至泪液和唾液都是黄色，皮肤可因瘙痒而有抓痕，有时皮肤可出现黄色瘤。腹部异常膨隆，肝脏肿大，尤其是肝右叶，会逐渐变硬。
