胰腺囊肿通过手术治疗是可以根治的。
胰腺囊肿是良性的，虽然临床研究中对于胰腺囊肿的病因尚未明确，但通过手术能够达到治愈目的，一般不会复发。胰腺囊肿不同于其他肿瘤，很多良性肿瘤也有癌变风险，但胰腺囊肿并不会，其病理和肝脏囊肿、脂肪瘤有很多相似之处，通常情况下终生都不会恶变，且术后不容易复发。
胰腺囊肿术后可能会出现胰瘘现象，是胰腺脓肿切除手术比较严重的并发症。胰瘘有时可能会大面积腐蚀周围的组织，尤其是胰腺后方的血管，这些血管一旦破裂，很可能导致大出血有致命危害。
