按肾囊肿的部位和大小，可分为一般外生型肾囊肿、内生型肾囊肿、肾盂旁型肾囊肿等，术后复发率较低。某些特殊类型的肾囊肿，如完全内生性或肾盂旁囊肿，常因手术范围的限制而在肾脏表面形成火山坑状结构。术后若减压的囊腔被脂肪包裹，可能导致复发。
肾囊肿的复发率还跟手术的方式有关。若是囊肿穿刺抽液术，局部麻醉后通过针扎把囊液抽出来，复发率比较高，大多数一年以后都会复发，不过可以反复抽吸。而微创手术方法，由于把囊肿去掉了部分，液体也就无法积存了，这种方式复发率较低。
