激光祛除扁平疣后一般不会留疤，但操作不当或者继发感染，则有可能留疤。
扁平疣是一种单纯局限于皮肤角质层内的病变，由于皮损的位置比较表浅，不累及真皮层，所以在使用激光治疗的过程中造成的创伤也比较浅，并不会波及到真皮层内，所以一般不会出现留疤的不良后果。
不过，如果操作方法不正确，在治疗过程中激光产生的能量对皮肤的作用过度，导致损伤加深，波及到皮肤真皮层内，则有引起疤痕的风险。做完激光治疗后，如果不注意皮肤护理，被化脓性细菌侵入创面、引起感染，使炎症反应加深，也有可能遗留疤痕。
