扁平疣有自动消失的可能，但一般都需要2-3年。
扁平疣的预后和转归与自身免疫系统的抗病能力有关。抗病能力越强，越容易将体内的HPV病毒清除掉，扁平疣的持续时间就越短；抗病能力比较差的人，体内的HPV病毒不容易被清除，扁平疣的持续时间就会相应的延长。不过，绝大多数都可以在2-3年内自行消失。
扁平疣是皮肤低危型人乳头状瘤病毒感染引起的一种皮肤疾病，皮损仅局限在皮肤角质层，不向身体其他部位发展，对身体健康没有大的损害，患病后可以暂时观察，等待其自然消失。
