遗传性非息肉病性结直肠癌其治疗方法和其他结直肠癌的治疗方法无明显差异性，也包括内镜下治疗、局部切除、外科手术治疗、放化疗、免疫治疗等相关治疗。
遗传性非息肉病性结直肠癌仅仅是结直肠癌中的一种类型，这种类型的结直肠癌发病和错配修复基因突变有很大的关系。但是其治疗方法与其他因素所导致的结直肠癌无明显差别。
对于病变仅局限于黏膜层膜的患者来说，可以选择局部切除，但是必须保证最少有3mm的切缘。
而对于病变局限于黏膜及黏膜下层，无淋巴结转移的患者，可考虑内镜下切除治疗。如果一旦侵犯肌层，或者未侵犯基层，但存在有区域内淋巴结转移时，则建议以外科根治性手术切除为主。
对于已无法给予手术治疗的患者来说，主要以非手术治疗的综合性治疗来延长患者的生存周期。
