亚急性甲状腺炎的治疗包括，止痛治疗、针对甲亢的治疗以及针对甲减的治疗。
首先要明确的是亚急性甲状腺炎是一种自限性疾病，它是由于病毒感染所导致的甲状腺炎症，因此，表现为甲状腺疼痛时可以应用非甾体类抗炎药进行止痛治疗，若炎症比较明显，也可以应用糖皮质激素来抗炎治疗。
亚急性甲状腺炎的发病过程，包括甲状腺功能亢进期，此时只是一过性的甲亢，可以短期内应用抗甲状腺药物来缓解甲亢症状。
亚急性甲状腺炎经历过上述过程后会进入甲状腺功能减退期，此时可以适当补充甲状腺激素，来维持甲状腺激素水平。
