引起卵巢囊肿的具体原因有的清楚，有的原因不清，需要根据卵巢囊肿的类型来进行判断。根据卵巢囊肿与月经周期的关系，可以分为：功能性卵巢囊肿、非功能性卵巢囊肿，功能性囊肿原因相对清楚，非功能性囊肿形成原因尚不清楚。
- 功能性卵巢囊肿。其形成原因多与雌孕激素水平有关，可以分为滤泡囊肿和黄体囊肿。滤泡囊肿主要是由于患者卵泡发育成熟，但是并未排除卵子引起的生理性改变。黄体囊肿指的是患者成熟卵泡排出卵子，形成黄体以后，黄体内出现液体或者血液导致的病情变化。
- 非功能性卵巢囊肿。其形成原因不清，可能是由于饮食因素、环境因素、激素因素、感染因素、遗传因素等多种致病因素引起的病变表现。
