部分的反流性食管炎患者会出现进食哽咽感，主要是由于反流物刺激食管引起食管的炎症，或者食管的痉挛引起的进食哽咽感。
有的时候是因为食管的功能紊乱，如果合并食管狭窄的时候，可能固体食物首先无法咽下，然后是流食或者半流食，出现进行性加重的吞咽困难，早期的时候可能是间歇性的吞咽困难，进食固体和液体食物均会发生吞咽困难。
如果不进行治疗，反复发作，会引起食管黏膜的糜烂、溃疡，甚至形成食管的并发症，最常见的并发症是上消化道出血，出现呕血或者黑便。再严重的可能发展为溃疡反复的发作、愈合，形成纤维组织，最后形成瘢痕，导致食管狭窄，最初可能是固体食物吞咽困难，缓慢发展到半流质或者流食吞咽困难。
