自身免疫性脑炎的患者如果合并有肿瘤，应该立即将肿瘤切除，尤其是卵巢畸胎瘤。如果没有肿瘤，年龄在12岁以上，发病4年内，每6~12个月都应该进行一次盆腔超声检查，以排除有肿瘤的可能，同时还应该进行肿瘤的相关专科检查。
针对自身免疫性脑炎本身的治疗，有一线治疗、二线治疗以及长程免疫治疗，其中一线治疗主要包括的是糖皮质激素、免疫增强剂、血浆置换等治疗方式。二线的治疗主要是免疫抑制剂。不管是一线治疗还是二线治疗，都有一定的副作用，应把握好指征。
