角膜炎治疗早期主要以药物治疗为主，以去除病因、控制感染、减轻炎症反应、促进溃疡愈合和减轻瘢痕形成为主要治疗原则。细菌性角膜炎宜选用敏感的抗菌药物进行治疗，根据临床经验和患者的病情，选择一种或多种广谱抗生素，待实验室确定明确病原体后，再调整敏感抗生素进一步治疗。
抗真菌药物是治疗真菌性角膜炎的重要手段，但目前缺乏高效、低毒、广谱的理想药物。临床上多采用联合用药的方法以提高疗效，病情严重者可配合全身用药。病毒性角膜炎可使用抗病毒药物治疗，防止复发也是治疗的重点。
