眼部扁平疣有自愈的可能。
扁平疣是一种病程自限性疾病，不论扁平疣的皮损长在身体的哪个部位，只要患者免疫系统的功能基本正常，大多都可以在2~3年左右自愈，皮疹自行消失。发生在眼部的扁平疣，同样也可能在2~3年内自行消失，大部分的患者不会复发，个别患者可能会在一段时间后再次出现。
不过，扁平疣是一种病毒感染引起的疾病，这种疾病的预后和转归与身体免疫系统的功能有直接关系，如果免疫系统功能比较差，一般很难自愈，需要通过医学治疗才能病愈。
