扁平疣一般不会癌变。引起扁平疣的病原体是皮肤低危型人乳头状瘤病毒，感染与发病的原因都与肌肤屏障破损、自身免疫系统功能损伤有一定的关系。患扁平疣的患者，在自身免疫系统功能逐渐改善的过程中，人乳头状瘤病毒可以被抑制和清除，扁平疣会自愈，所以扁平疣的自然病程一般都在2~3年左右。
皮损消退之前局部会有轻微的炎症反应，消退之后不遗留任何痕迹。即使是不能自行消退的扁平疣，通过药物治疗或者物理治疗也可以达到治愈的效果。所以，扁平疣不存在癌变的风险，预后良好。
