大部分肠旋转不良患者经过积极治疗，预后较好。
一般出现肠旋转不良后可以及时就医，明确病因后进行保守治疗或手术治疗，比如可以进行腹腔镜手术或开腹手术，能够复位肠段，缓解患者症状，术后一般2-3天就能够恢复正常生活。
但是部分患者进行肠旋转不良手术后可能会再次发生肠扭转，因此手术后需要定期检查。
此外，部分患者肠旋转不良是由肿瘤性疾病引起，此种情况下预后效果相对较差，需要及时治疗原发病，避免病情更加严重。
