人工授精一般发生后遗症的几率较低。但是这种辅助生殖方式，对女性的身体还是会造成一定的伤害。虽然该方法与人类正常生殖生理过程相似，且花费少、创伤小，但是其成功率也仅在20%左右。
为了提高受孕率，通常对女性进行促排卵治疗，这也客观上增加了卵巢过度刺激综合征和多胎妊娠的发生率。患者都需要经过一些前期筛查，如输卵管、内分泌、超声等检查，这些都对女性的身心健康有一定影响。
对于辅助生殖技术出生的婴儿而言，他们与正常出生的孩子没有太大区别。
