眼部扁平疣也可以自愈。通常患扁平疣之后，经过合理的护理，并避免诱发因素，保持营养的均衡，提高身体的免疫能力，可以使扁平疣自行消退。有部分患者由于对眼部皮肤进行搔抓，或经常刺激、摩擦皮损部位，可使扁平疣逐渐扩散，可以扩散至面部、颈部以及手部等部位，需要及时采取正规的治疗，才能使疾病治愈。
但在病情治愈之后，可能会有复发的风险，所以要做好日常护理，多注意皮损部位的卫生，防止发生感染。饮食上需忌食辛辣、刺激性食物，还要禁烟酒，不要和其他人共用毛巾和脸盆。
