真性红细胞增多症难以根治，唯一的方式是进行骨髓造血干细胞的移植，但风险大且成功率低，患真性红细胞增多症的老年患者在该年龄段多不适合骨髓移植。
常规的治疗方式为干扰素辅以化疗药控制红细胞的数量，服用抗凝药物预防因红细胞增多导致的血栓形成，还可根据需要进行中西结合治疗。因此，真性红细胞增多症患者治疗宜采取个体化，针对性的治疗方案，患者在经过正规有效的个体化综合治疗后，其中位生存期通常可以达到7-15年，疾病进展慢、病程长，一般可维持多年的生存期。
