肢体畸形的治疗和肢体畸形的类型密切相关。对没有骨性结构畸形的可以先保守治疗，对于有骨性结构畸形的一般需要手术治疗。
没有骨性结构畸形的肢体畸形，例如先天性膝关节内翻，一般采用夹板外固定、矫形鞋和康复训练矫正，大多数在生长发育过程中矫正。
对于有骨性结构畸形的肢体畸形，例如多指畸形、先天性胫骨假关节，一般采用手术治疗。多指畸形手术切除多生指。先天性胫骨假关节手术切除假关节及硬化骨，需要植自体骨，术后定期复查，如有骨断端硬化则再次手术植骨。
