自身免疫性脑炎患者后遗症是多个方面的。首先很多患者会诱发癫痫发作，遗留癫痫症状，表现为四肢僵硬、神态慌乱，但是这种发作有自限性，持续时间一般为数分钟。患者还会出现记忆力障碍、精神发作、胡言乱语、行为异常、工作学习能力下降、沟通障碍等后遗症。另外，自身免疫性脑炎还可能会影响边缘系统，如颞叶、海马体等，继而导致患者记忆力下降。
自身免疫性脑炎患者应积极进行药物治疗，积极治疗原发性疾病，当原发性疾病得到治疗以后，相应的精神症状也会得到一定的控制，再结合营养脑细胞的药物，则可以有效的改善自身免疫性脑病后遗症。
