子宫内膜异位症中的卵巢巧克力囊肿一般不会自行消失。卵巢巧克力囊肿主要是由于异位的子宫内膜在卵巢部位生长对局部造成严重刺激，引起的囊性病变。疾病受体内激素影响，随着月经周期改变，病情也有一定变化，所以自行消失的可能性不会很大。需要进行肿瘤标志物检查、盆腔彩超检查、宫腹腔镜检查等来明确诊断。在确诊为巧克力囊肿时，需要根据生育情况、年龄、病情严重程度、身体状况等各种因素，选择合适的治疗方案进行治疗。常用的治疗方法主要包括药物治疗、微创治疗、手术治疗等。
