自身免疫性脑炎主要临床表现体现在脑组织损害上，可以表现为多个方面。首先是行为精神的异常，患者可能会出现性格的突然改变、容易生气，经常与周围人发生争执，有时候表情又会出现淡漠、无趣等等。甚至还有患者可能会出现幻觉、打人、易怒等现象。除了精神异常以外，还会有认知的改变，比如出现认知障碍，表现出记忆力下降、学习能力下降。最后自身免疫性脑炎还会出现神经系统的损害，出现头晕、头痛、四肢麻木、行走不稳。还会类似于癫痫的症状。如果损伤到了自主神经，则可出现心率、血压不稳，出汗以及大小便异常。
