自身免疫性脑炎患者的预后和很多因素有关，不能一概而论。首先起到决定性因素的就是是否合并有肿瘤的发生，有些青年患者自身免疫性脑炎还合并有卵巢畸胎瘤。虽然畸胎瘤是良性的肿瘤，如果不及时切除，这有可能会增加抗原抗体的产生，反而加重病情，则预后较差。如果手术切除及时，肿瘤得到了根治，一般预后良好。同时也有研究表明80%的自身性免疫脑炎患者，功能恢复是比较良好的，如果合并了小细胞的肺癌则恢复的很差。
从另一个方面来讲，如果自身免疫性脑炎的患者不能得到及时地救治，则恢复相对肯定是比较差的。总的原则就是尽量早发现，早确诊断，早治疗。
