多囊肾的治疗目前没有特异的办法，主要是通过对症治疗，尽量延缓肾功能衰竭。
多囊肾治疗包括镇痛，对一过性的疼痛可观察，持续疼痛患者应该予以药物止痛。然后就是降压治疗，选择血管紧张素转换酶抑制剂或者利尿剂或者钙离子通道阻滞剂，血压应该控制在130/80mmHg以下。并发感染的予以抗感染治疗，根据药敏结果选择抗生素。经过保守治疗无效或者效果差的患者，可以手术去除增大囊肿来治疗，到最后终末期时可考虑肾移植。
改善生活饮食习惯，例如不喝咖啡、茶，不抽烟，多休息，避免剧烈运动等对于多囊肾的治疗也有很大作用。
