多囊肾的治疗原则就是去除病因，减轻症状，改善肾功能，预防并发症，延缓肾功能衰竭：1.一般治疗主要就是改善生活饮食习惯，例如不喝咖啡、茶，不抽烟，多休息，避免剧烈运动等；2.镇痛，对一过性的疼痛可观察，持续疼痛患者应该予以药物止痛；3.降压治疗，血压应该控制在130/80mmHg以下，药物首选血管紧张素转换酶抑制剂；4.并发感染的予以抗感染治疗，根据药敏结果选择抗生素。经过保守治疗无效或者效果差的患者，可以手术去除增大囊肿来治疗，到最后终末期时肾移植是另外的治疗方案。
