肛周脓肿和肛瘘是一个疾病的两个阶段，肛周脓肿切开引流术后或肛周脓肿自行破溃、脓液溢出后，形成慢性炎性病变就是肛瘘，而细菌感染瘘管导致脓液无法排出又会形成脓肿。这种情况在治疗上没有太多选择，手术是治愈的唯一途径，而且越早越好。早期通过积极的手术治疗绝大部分肛周脓肿可以获得治愈。如果不能马上手术也应该尽快切开外口引流，同时使用药物抗感染，将急性期转为慢性期。待炎症消退后仅为肛瘘时，再手术治疗肛瘘。
肛瘘的手术方式有很多种，具体术式要根据患者具体病情、肛瘘复杂的程度决定，单纯切开术、肛瘘切除术可以治疗简单性肛瘘。高位肛瘘需要做高位挂线、低位切开引流术。
