在进行肛周脓肿手术中要找到内口，然后进行手术的切除就可以有效地控制肛周脓肿的发展。一般来说，由于肛周脓肿多数只有一个内口，如果准确寻找并处理好，是可以避免肛瘘形成的。但是，有部分患者的内口有多个，并不容易一次性寻找及处理，这种情况下，还是有可能会形成肛瘘。
肛周脓肿主要治疗的方法是手术治疗，但手术之后注意按时换药，避免大便的干燥，避免出现腹泻的情况，肛周脓肿在手术之后，也还是有一定复发的几率。患者要按时换药，防止复发的情况，在平时多喝水，多吃新鲜水果和蔬菜，不吃辣，少吃油炸的食品，不熬夜，调整情绪，避免过度紧张等。
