疱疹性咽峡炎根据疾病的进展可以大概分为以下几个阶段：第一个阶段，此时的患者虽然已经感染柯萨奇病毒或肠道病毒等，但是还没有明显症状。这个时期大概持续1-2天。第二个阶段，此时的患者可能会出现以下症状：发热、咳嗽、咽部红肿疼痛等，此时可能还未出现咽部、口腔部位的疱疹。第三个阶段的时候，患者的咽部、口腔部位出现白色的疱疹，疱疹周围会有红肿。第四个阶段的时候，患者咽部、口腔部位的白色疱疹破溃，出现溃疡。之后，破溃的创面开始愈合，患者症状可以有明显的缓解，逐渐康复。
