三个月大的宝宝出现大便中有血丝的原因如下：
1.急性胃肠炎。建议进行大便常规检查明确，若有炎症给予抗感染治疗，并给以适当对症处理，可以明显的改善症状。
2.便秘时大便干结引起肛裂导致大便带血的情况，此时宝宝有明显的大便费劲、便后或大便表面见鲜血。
3.3个月的宝宝，会发生晚发维生素K1缺乏，从而导致凝血功能异常，容易出现消化道出血，一般见于纯母乳喂养的的小儿。部分宝宝还可能会出现肚脐、皮肤等部位的出血。
4.还要排除宝宝是否存在牛奶蛋白过敏引起的大便有血丝，此时宝宝常常会有明显湿疹、厌奶、肠绞痛、呕吐、体重增长不理想等症状。
