胚胎停止发育后最需要检查的是胚胎的染色体是否存在异常，另外有部分患者可能与妇科炎症，甲功异常，内分泌异常等有关，所以常规检查白带常规、支原体、甲功5项、性激素六项、优生5项等明确原因。
胚胎停止发育如果与妇科炎症有关，比如滴虫、细菌、支原体等感染，通过取白带检查及培养可以明确。如果是内分泌紊乱疾病，比如甲亢、甲减、黄体功能不全、多囊卵巢综合征等，明确后需要积极用药调控激素水平。备孕期或者孕早期接触猫狗等动物，感染弓形虫或有风疹病毒等，同样也会引起胚胎停止发育或胎儿畸形。反复稽留流产还需要检查明确是否有染色体疾病或免疫系统疾病。
