恶性巧克力囊肿主要症状表现为痛经，通常属于继发性痛经，很容易被忽视。部分患者也可表现为性交痛或异常的子宫出血，症状进一步发展也可影响正常受孕。另外囊肿比较大时，会表现为肛门坠痛，患者可触及下腹部包块，通常在晨间或憋尿时较明显。出现巧克力囊肿，如果不及时治疗，病情进一步恶化，侵犯肠道可出现便秘、便血、排便疼痛等症状，严重的还可出现肠梗阻。如果病灶侵犯膀胱，表现为尿频、尿痛，甚至血尿。病灶侵犯胸膜或肺部，也可出现咯血及气胸。
